El AFLP es una variación de la técnica de PCR convencional basada en la amplificación selectiva de fragmentos de ADN genómico obtenidos por digestión con endonucleasas de restricción, con el fin de detectar polimorfismos debido al cambio en o cerca de las secuencias de ADN que comprenden los sitios de escisión de las enzimas utilizadas. Los productos de PCR resultantes, que difieren en número y tamaño, se separan usando electroforesis en gel para generar un patrón de bandas característico.
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